Nach dem Erlangen des Anwaltspatents arbeitete Daniel Fässler als Sekretär der Staatswirtschaftlichen Kommission des Kantons Appenzell Ausserrhoden und als Anwalt in Zürich. Ab 1994 war er Partner einer Kanzlei in St. Gallen und führte vorwiegend immobilienrechtliche Mandate.
1999–2004 war Daniel Fässler nebenamtlich Richter am Bezirksgericht Appenzell, 2004-2008 am Kantonsgericht Appenzell Innerrhoden. Er gehörte von 2008-2019 als Landammann der Standeskommission (Regierungsrat) des Kantons Appenzell Innerrhoden an, die er als regierender Landammann in den Amtsperioden 2010-2012, 2013-2015 und 2017-2019 präsidierte. In dieser Funktion war er als Volkswirtschaftsdirektor auch für die Führung des Volkswirtschaftsdepartements verantwortlich.
Bei den Parlamentswahlen 2011 wurde Daniel Fässler mit grosser Mehrheit der abgegebenen Stimmen in den Nationalrat gewählt, und 2015 ebenfalls mit grosser Mehrheit wiedergewählt. Im 2019 wurde er als Ständerat gewählt.